Pura Dalem adalah berfungsi untuk pemujaan kepada Dewa Siwa sebagai bagian dari Kahyangan Tiga yang terdapat di setiap desa adat di Bali.

Dalam sejarahnya, dahulu disebutkan Pura Dalem merupakan pemujaan kepada Dewi Durga sebagai Dewa utama dari Sekte Bhairawa, sehingga Pura Dalem ini sangat erat kaitannya dengan setra dan Pura Mrajapati sebagai tempat pemujaan alam kosmis untuk menetralisir kekuatan positif dan negatif.

Umat ​​Hindu Bali percaya bahwa orang yang mati sebelum masuk sorga, mereka dibawa ke Pura Dalem Puri yang diyakini secara niskala dalam pura tersebut terdapat sebuah kawah yang disebut Candra Goh, jembatan yang disebut Titi ugal-agil dan Tegal Penangsaran serta hutan pohon kayu curiga yang ada dalam pura dalem ini.

Jajaran Pelinggih di pura dalem ini sebgaimana disebutkan dalam artikel esensi & konsepsi pura sebagai tempat suci di bali, pelinggih – pelinggih yang ada di pura dalem disebutkan :
Gedong Linggih Sthana Dewi Durgha (Sakti Siwa)
Linggih Sthana Ratu Nyoman Sakti Pengadangan, (gelar dari “banaspatiraja”; Lontar Kanda Pat Sari)
Lingga Sthana Sedahan Penglurah (Tepas Ratu Gede`Mecaling)
Bedogol Apit Lawang :
Linggih Sthana Sang Bhuta Diyu, dan
Linggih Sthana Sang Bhuta Garwa.
Pada Panghulun Setra dibangun Pelinggih Prajapati, berbentuk Padma dan sebuah bebaturan Linggih Sedahan Setra.